Sechs Jahre nach den Abenteuern der ersten Staffeln und drei Jahre nach 02 werden unsere Helden erneut gebraucht. Plötzlich tauchen wieder Digimon in der realen Welt auf und scheinen überaus aggressiv zu sein. Es braucht die Digiritter um wieder Ordnung und Frieden in die Welten zu bringen.
Doch die Kinder von damals sind erwachsen geworden und kämpfen nun nicht mehr nur mit feindlichen Digimon, sondern müssen ihren Platz in dieser Welt finden. Und das ist nicht immer so einfach.
Ausserdem finden die Digiritter eine neue Freundin, die ebenfalls zu den Auserwählten gehört. Doch was hat es mit ihrem Digimonpartner Meicoomon auf sich? Wieso scheinen die wild gewordenen Digimon hinter Mei-chan herzusein?